เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2559 นายดอน ปรมัตถ์วินัย รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศได้พบหารือกับนายฟุมิโอ คิชิดะ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศญี่ปุ่น ที่กระทรวงการต่างประเทศ ในระหว่างพบปะกัน รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศได้แสดงความเสียใจในนามของประชาชนชาวไทย ต่อผู้ที่ประสบภัยแผ่นดินไหวที่จังหวัดคุมะโมะโตะเมื่อช่วงสงกรานต์ที่ผ่านมา ซึ่งรัฐบาลไทยได้มอบเงินช่วยเหลือแก่ญี่ปุ่นเบื้องต้นเป็นจำนวน 10 ล้านเยน นอกจากนี้ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศยังได้ชี้แจงถึงความคืบหน้าการดำเนินการตามโรดแมปของรัฐบาล ซึ่งฝ่ายญี่ปุ่นได้แสดงความเข้าใจและสนับสนุนให้ไทยมีประชาธิปไตยที่มั่นคงและยั่งยืน
ทั้งนี้สองฝ่ายได้หารือกันในประเด็นที่มีความคืบหน้าเป็นรูปธรรมในหลายด้าน ในด้านความร่วมมือทางเศรษฐกิจ โดยเฉพาะเรื่องระบบรางรถไฟ ซึ่งผลการศึกษารถไฟความเร็วสูงในเส้นทางกรุงเทพฯ-เชียงใหม่และเส้นทางแนวระเบียงเศรษฐกิจทางตอนใต้ (Southern Economic Corridor) จะเสร็จสมบูรณ์ในปลายปีนี้ รวมถึงเรื่องความร่วมมือด้านสินค้าเกษตรซึ่งทั้งสองฝ่ายได้มีการอนุญาตการนำเข้าผลไม้ระหว่างกันเพิ่มเติม
นอกจากประเด็นความร่วมมือทวิภาคีแล้ว ยังได้หารือเกี่ยวกับความร่วมมือในกรอบพหุภาคีและประเด็นระหว่างประเทศในหลายประเด็น ได้แสดงความพร้อมที่จะร่วมมือเพื่อแก้ไขปัญหาความท้าทายด้านความมั่นคงของโลก ทั้งการก่อการร้าย การแพร่กระจายของอาวุธนิวเคลียร์ และปัญหาความมั่นคงทางทะเล โดยไทยได้ชื่นชมบทบาทของญี่ปุ่นในฐานะประธาน G7 และสมาชิกของคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติ และ ไทยยังได้แสดงความพร้อมของไทยในฐานะประธานกลุ่ม G77 ที่จะร่วมมือกับญี่ปุ่นในการยกระดับชีวิตความเป็นอยู่ของประเทศกำลังพัฒนา และผลักดันเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืน (Sustainable Development Goals – SDGs) ของสหประชาชาติให้ประสบความสำเร็จ
สำหรับในประเด็นความมั่นคงบนคาบสมุทรเกาหลีและปัญหาทะเลจีนใต้ ไทยได้ยืนยันกับญี่ปุ่นว่า จะสนับสนุนประชาคมโลกอย่างเต็มที่ในการใช้วิถีทางทางการทูตเพื่อนำมาซึ่งความมั่นคงบนคาบสมุทรเกาหลี ส่วนปัญหาทะเลจีนใต้นั้น ไทยก็ติดตามพัฒนาการอย่างใกล้ชิด และสนับสนุนให้ทุกฝ่ายที่เกี่ยวข้องใช้ความยับยั้งชั่งใจและนำการทูตเข้าไปเป็นเครื่องมือในการแก้ปัญหา
ภายหลังการหารือ ทั้งสองฝ่ายได้ลงนามบันทึกแสดงเจตจำนง (Memorandum of Intent – MOI) ว่าด้วยการส่งเสริมความร่วมมือในสาขาเกษตรและสาขาอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องระหว่างรัฐบาลไทย-ญี่ปุ่น ซึ่งจะนำไปสู่การจัดตั้งกลไกหารือระดับสูงระหว่างกระทรวงเกษตรของทั้งสองฝ่าย เพื่อขับเคลื่อนความร่วมมือทั้งในด้านการพัฒนาทรัพยากรมนุษย์ มาตรการสุขอนามัยและสุขอนามันพืช (Sanitary and Phytosanitary Measures – SPS) อุตสาหกรรมยางพารา การบริหารจัดการน้ำ และการนำเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร มาใช้ในภาคการเกษตรของไทยด้วย
